Ferma restando la validità dei consigli precedenti, ma se ho capito bene hai un po' di patina superficiale e non hai nè aeratore nè eroghi CO2.
Quindi OK che le bolle restino intrappolate dalla patina non potendo liberarsi in atmosfera, ma qual'è la loro origine?
Non è che hai il filtro con la pompa che pesca aria perchè intasato? Senti rumori tipo gorgoglio e/o vedi la mandata del filtro sputare bollicine di aria insieme all'acqua?
Tieni presente che l'acqua può arrivare in quantità insufficiente alla pompa oltre che per i materiali filtranti intasati anche perchè le bocchette di aspirazione del filtro sono ostruite da detriti, verifica 
