Avere un acquario sottopopolato è una cosa positiva. Con una buona fertilizazione puoi aggiungere nitrati e fosfati ed è molto più facile che toglerli.
Per quanto riguarda il Protalon, non direi che è necessario ma hai un sacco di alghe e per qualche verso potrebbe dare una mano, a patto di iniziare con il piede giusto una volta finito il trattamento.
Ti svelo un segreto

tempo fa, a causa di una potatura eccessiva, ho avuto un esplosione di filamentose. Conscio del problema ho agito con un anti alghe ed ho risolto. Successivamente ho continuato ad aggiungere qualche ml di prodotto all'acqua dei cambi (tanto dovevo finire il flacone

). Nel frattempo le piante si sono riprese ed il problema non si è più ripresentato.