In pratica la tua vaschetta "regge" perchè cambi quasi tutta l'acqua, e il filtro (assolutamente inadatto) fa il resto.
Un acquario grande non può essere gestito cosi......i miei carassi sono in una vasca da 180 litri, mi vedi cambiare i 3/4 dell'acqua?

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In acquario devono crearsi delle condizioni ideali per lo "smaltimento" dei rifiuti, senza che tu debba fare grossi interventi, che alla fine sono più invasivi che altro.
Comincia con il dare un'occhiata al ciclo dell'azoto (che ho in firma), tanto per capire cosa succede in un acquario, poi mi dici.