[ilVanni]

Il prodotto (finale o no) del filtraggio biologico è comunque sempre NO3. Se ossidi composti organici dell'azoto (dopo che sono decomposti diventano comunque ammonio o ammoniaca) arrivi al nitrato.
Alcune gestioni rimuovono "a monte" l'ammonio (per esempio con le piante) o tolgono di mezzo direttamente proteine e amminoacidi (lo schiumatoio nel marino). Altrimenti i batteri ossidano a nitriti e poi a nitrati. Alcuni "filtri" (intendendo anche il fondo stesso, se ben maturo) chiudono (in tutto o in parte) il ciclo "tornando indietro" da NO3 a NO2 e/o a N2 gassoso.

Tra "A" e "B" (filtro "normale" e percolatore) cambia l'efficienza con cui si ossida (maggiore nel percolatore perché il contatto con l'aria è massimizzato, ma spesso anche la dispersione di CO2).
Ovviamente non sempre un filtro fortemente nitrificante (o al contrario, fortemente denitrificante) è un bene per la vasca. Piccole percentuali di ammonio (a livelli normali e non dannosi per la fauna ovviamente) sono gradite dalle piante più del nitrato, e una certa concentrazione di nitrato assicura che alle piante non manchi nulla (avere i nitrati a zero spaccato non fa generalmente bene alla flora).
I filtri, in quest'ottica, sono comunque da considerare dei "concorrenti" delle piante, ed è necessario che non le danneggino.

Personalmente ritengo che il "filtro migliore" (o forse dovrei scrivere "la gestione migliore") è quello che mantiene una vasca equilibrata con valori ottimali e soprattutto costanti (quindi non necessariamente il filtro che "nitrifica" o "denitrifica" di più).