Essendo il tuo acquario di 55L credo che mettendo un Plexiglas da 5mm non abbia possibilità di imbarcarsi. In genere il Plexiglas, a pari spessore, è più trasparente del vetro, ma con 5mm di Plexi contro 3mm di vetro credo che la trasparenza sia circa equivalente.
Il Plexi ha più possibilità di rigarsi pulendolo, ma è più facile da lavorare (fori, scansi, ecc), il vetro ha maggior possibilità di rompersi nelle manovre di manutenzione ed è più difficile da lavorare. Direi che devi decidere tu
Non ho capito cosa c'entra l'ossidazione
PS: se decidi per il Plexiglas vedi di essere sicuro che sia lui (o Perspex o Vitroflex o analoghi, vedi Wikipedia) quando comperi, altre plastiche trasparenti in vendita nei brico hanno caratteristiche nettamente inferiori sia di trasparenza sia di resistenza meccanica e possono anche ingiallire in breve tempo.