Direi che è la cosa migliore da fare.
Il terriccio fertile non deve mai essere a contatto diretto con l'acqua. Anche quando sradichi una pianta si fa sempre attenzione a non tirarlo tutto su proprio per non inquinare troppo l'acqua.
Svuota, ricopri col ghiaietto, rimetti le piantine e riempi di nuovo. Alla fine non è tutto questo lavoraccio....quando non lo fai tu.
A parte gli shcerzi, può sembrare un lavorone ma ci metterai poco e avrai la soddisfazione di aver sistemato le cose nel modo giusto.
