ciao Luca è parecchio che non ti si legge sul forum.
Io provo a dire la mia:
1) hai una foresta di vallisneria. Le piante sono in competizione per la luce, carbonio, i macro ecc. Nel tuo caso la vallisneria ha prevalso su tutte le altre: le sue foglie arrivando al pelo dell'acqua intercetta tutta la luce disponibile, assorbe quel poco co2 che c'è e non disdegna i carbonati come fonte di carbonio e contemporaneamente fa fuori anche i macro, per non parlare dei micro.
2) il problema dei ciano: poca corrente, anche qui forse per colpa dell'eccessiva crescita della vallisneria che impedisce una buona circolazione dell'acqua oppure semplicemente filtro intasato, ed eccesso di detriti organici in sospensione (pulizia del fondo e del filtro?).