ma come mai in un acquario non ancora maturo hai già 25mg/l di nitrati ?
è il tuo valore dal rubinetto ?
o , sono ignorante in materia , può essere colpa del fondo fertilizzato ? 
comunque sia , come ti hanno già detto , non mettere tanto le mani in vasca , lascia che la natura faccia il suo corso... 
 
per quanto riguarda il filtro solo le spugne mi sembra poco , magari lo cambierei con uno più moderno che abbia la possibilità di inserire dei cannolicchi . 
i nuovi cannolicchi sinterizzati hanno una superficie utile all'insediamento dei batteri  che è immensamente più vasta di quella di una spugna . 
in quel modo sei anche più tranquillo di non far casini quando devi pulire le spugne stesse !!
 
per le piante ormai c'è poco da fare , speriamo che si riprendano da sole , se non avevi rovinato  inavvertitamente le radici dovrebbero riuscirci .  
ho paura  però per   l'hemianthus, è una piantina bellissima ma molto delicata , ha bisogno di luce forte e di co2. 
senza purtroppo muore in fretta .