Da quello che scrivi sembra che tu abbia un filtro esterno.
In un acquario marino il filtraggio avviene attraverso le rocce vive e lo schiumatoio, mentre un filtro esterno con lana e spugne non fa altro che contribuire all'aumento degli inquinanti in vasca.
Per quanto riguarda il problema di cui parli, potrebbe essere un esplosione batterica, ma sarebbe più opportuno che tu aggiungessi delle foto.
Dovresti leggerti un pò di articoli circa l'allestimento e la gestione di un acquario marino!!