Forse sono io che non ho capito bene..., perciò scusate la domanda molto terra terra: ma queste macchie nere sono SUL fondo (cioé sulla parte superiore, per intenderci sulla superficie del ghiaino) oppure NEL fondo, cioé nella parte INTERNA (le vedi attraverso il vetro, in mezzo al ghiaino, diciamo).
Se il tuo è il secondo caso, allora significa che più che di alghe si tratta di zone anossiche nel tuo fondo... forse perché hai un ghiaino troppo alto o troppo fino (inteso come sabbioso), e le piante non ce la fanno con le loro radici ad arearlo per bene...
Certo, se riesci a postare qualche foto ci togli i dubbi, e possiamo darti suggerimenti corretti!
