Guarda io lascerei il fatto di farlo pilotare da una pompa che sia quella del filtro,in quanto una potenziale ostruzione dei materiali filtrati,porterebbe inevitabilmente ad un portata ridotta del flusso d'acqua all'interno del reattore.Questo,a sua volta, andrebbe ad inficiare la miscelazione della co2 con l'acqua.Se hai possibilità di sostituire l'eheim 1250 con un altra(anche di portata leggermente inferiore,al filtro non fa nulla..anzi) sarebbe azzeccatissima(è la stessa con la quale anch'io ci pilotavo il reactor).
Discorso modifiche.Come puoi vedere dalla foto la parte in alto ha 3 attacchi.Uno con un rubinetto(serve per spurgare eventuali sacche di ristagno),uno per il tubo della co2.Questi si trovano entrambi verso l'esterno.Al centro invece troviamo l'ingresso dell'acqua e questo secondo me è il difetto di questo reattore(comunicato anche alla stessa aquamedic).L'entrata posta in questo modo porta inevitabilmente alla formazione di sacche sulla parte superiore del reattore(forse per questo hanno messo quel piccolo rubinetto),le bioball presenti(che dovrebbero rompere il flusso d'acqua) servono a poco per evitare questo inconveniente.Una soluzione ottimale sarebbe quella,di far entrare l'acqua da un lato con un tubo che sia parallelo alla circonferenza (per capirsi come una lettera d).In questo modo l'acqua,all'interno del reattore avrà un movimento circolare,creando una specie di centrifuga.La sacca nella parte superiore si formerà ugualmente,ma appena avrà raggiunto un dimensione consistente incontrerà inevitabilmente il flusso d'acqua che la frantumerà.
Il tubo come è posizionato,nel momento di fermo porta la co2 ad entrare al suo esterno e se l'erogazione dell'anidride carbonica è abbastanza consistente(cosa inevitabile per le dimensioni della tua vasca), la co2 all'interno del tubo potrebbe essere talmente tanta da non consentire un eventuale restart della pompa.
Ti posto un disegno fatto velocemente con il paint, per farti capire un pò meglio la modifica