Alessandra il filtro non andrebbe mai smontato e pulito a fondo  

 che operazioni hai fatto esattamente ? hai solo lasciato a mollo i filtri biologici (a proposito quali ? spugne, cannolicchi ....) e li hai anche strizzati ? 
i frequenti cambi vanno bene per abbassare i nitrati, ma una pulizia eccessiva del filtro no, perchè rischi di azzerare la colonia batterica utile che risiede nel filtro biologico.