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Cosa intendi esattamente per alghe marroni, che peraltro se ho ben capito crescono solo sui vetri e non su rocce o animali? sono filamentose verdi marcescenti o diatomee? In entrambi i casi e' probabilmente una questione di instabilita' temporanea dovuta al movimento rocce che hai fatto e penso che si sistemera' col tempo. Per quanto riguarda le coralline, non le ho mai viste crescere nelle vasche molto illuminate, solo nelle zone semibuie. Per la sabbia, pensi che mettendo ad aspirarla tutta non danneggeresti ulteriormente l'equilibrio della vasca? Io ho sabbia mista alta 4 cm sotto tutta la vasca, da 7 anni, mai sifonata e mai smossa, quindi piena rasa di qualunque detrito, ma i valori sono zero e tutto va per il meglio. Poco tempo fa ho rifatto la rocciata di mezzo acquario muovendo l'impossibile in acqua, sono cresciuti ciano ed alghe marroni filamentose marcescenti e nel giro di poco se ne sono andate come sono venute: nessun risentimento degli animali.
Per quanto riguarda tutti i consigli che ti hanno gia' dato, fossi stato al tuo posto, non so come avrei fatto a scegliere cosa fare con una marea di gente che dice ciascuna una combinazione di cose diverse da fare... Se PO4 e NO3 sono a posto e tutto andava bene prima di fare casino, non pensi si sistemera' col tempo necessario, a meno che tu abbia cambiato qualcos'altro nella gestione o nel modo di fare le cose?