In questo caso Tentar non nuoce... cerca di spalmare il silicone in modo da farlo penetrare bene nella fessura (magari spingendo in fuori il vetro che si muove), poi già che ci sei ripassa tutte le giunture come hai detto. per un risultato esteticamente gradevole, isola con nastro di carta che toglierai subito dopo la passata, prima che asciughi.
Se non dovesse tenere ti sconsiglio di insistere... lo smonti usando il taglierino, elimini il silicone con un raschietto affilato, e te lo fai ri-assemblare da un professionista, 

