Ovviamente il silicio e il calcio sono presenti nelle rocce e nel substrato, basti pensare che il semplice quarzo è generalmente diossido di silicio; il problema secondo me è la quantità di impurità che presenta, nel senso quanti altri elementi metallici e non sono presenti e come si legano a calcio, silicio e magnesio. Un legame presente come in quello del diossido di silicio difficilmente verrà scisso da acido carbonico, anidride carbonica, ecc. pertanto è detto "inerte", mentre per i composti calcarei(ossia con carbonati di calcio e magnesio, con quest ultimo più presente in acqua marina) è l'opposto, ne sono molto suscettibili vista la loro caratteristica di essere sali.
Poi per il resto puoi provare a bollire il tutto più volte, le rocce e l'acquario sono tuoi e magari sarai anche fortunato e non avrai problemi, ma perchè rischiare inutilmente di andare incontro a grane?