Più che altro influisce sulla colonia batterica. L'eliminare o sostituire la lana può starci. Per le spugne perchè le elimini e non le sciacqui nell'acqua dell'acquario sono anch'esse degli ottimi sub strati biologici e togliendole elimini una non indifferente quantità di batteri.
Il discorso di tirare fuori i cannolicchi, se ne è variamente discusso, non è una operazione da sottoscrivere io sono per la linea di non toccarli mai. Infine lo svuotamento completo del filtro e la sua completa pulizia produce inevitabilmente l'eliminazione di quei fanghi (per alcuni sudiciume) di sedimentazione che al loro interno ospitano una miriade di batteri alcuni tra i quali lavorano in ambienti anossici e per cui anaerobici che contribuiscono alla lavorazione degli NO3 in azoto gassoso.
Ritornando al tema del tuo topic, l'esplosione può anche essere stata dovuta anche a questo e alla sifonatura del fondo se fatta molto in profondità.
Non dimentichiamoci, che nonostante le diverse filosofie di gestione, la sifonatura del fondo deve essere il più superficiale possibile proprio perchè nel fondo (in una vasca avviata da tempo) si insediano anche in questo caso batteri atti a depuarare la nostra vasca.
Io personalmente non sono per le pulizie di "fine stagione", in natura nessuno passa l'apirapolvere o il vaporetto sui letti dei fiumi o sui fondali dei laghi, perchè dobbiamo avere questa insana abitudine di ripulire tutto e a fondo nella speranza di fare una cosa buona e saggia.