basta fare tutto delicatamente. E' normale che ogni volta che si inserisce una pianta il fondo si smuova, ma dopo un pò di tempo la polvere viene aspirata dal filtro e l'acqua torna limpida.
La cosa strana è l'acqua gialla

non è che hai inserito anche una radice? Se così fosse è sicuramente lei la colpevole comunque non è niente di dannoso, col tempo il colore ambrato sparisce.
Piuttosto prima di mettere in vasca le piante hai tolto tutta la spugna e le hai sciacquate bene?