Devo dire che per lo spessore dei vetri sei un po' esagerato, 10mm sarebbe più che sufficiente
Lo schema del filtro è corretto, se vuoi puoi anche non mettere la spugna, solo due strati di lana sintetica e tanti canolicchi porosi.
Pensi di utilizzare come parete del filtro uno (o più) vetri della vasca oppure fare il filtro come scatola completamente indipendente?
Nel primo caso l'incollaggio vetro/Plexiglas è problematico, sul Plexiglas il silicone non aderisce.
Il secondo caso ti consentirà anche di sposare il filtro in altre posizioni ed eventualmente toglierlo facilmente nel caso che un domani decidessi di passare ad un filtro esterno, comunque dovrai usare colle apposite per il Plexiglas.
Riguardo alla pompa direi che una da 600l/h con portata regolabile sia adatta, io uso Eheim Compact con piena soddisfazione.
Per il numero di scomparti tre, come in figura, vanno benissimo.
Per la grandezza conta che lo scomparto dei materiali filtranti (quello centrale) sia grosso modo il 5% della capasità della vasca. Per gli altri 2 scompati basta che ci stiano, non troppo giusti, in uno il termoriscaldatore e nell'altro la pompa.
Per l'estetica si trova in vendita il Plexiglas opaline nero, anche se mi par di ricordare sia un po' costoso. Consiglierei comunque di lasciare trasparente la parete del filtro che va contro il vetro della vasca, può essere molto comodo poter ispezionare l'interno del filtro (livelli, intasamenti, ecc).
PS: non sono sicuro che ti convenga, in termini di soldi, costruire il filtro col fai da te anzichè comprarne uno commerciale. Altro discorso se lo fai per soddisfazione personale