le pompe devono SEMPRE essere in funzione, le puoi alternare ogni 6 ore per simulare la marea..ma sempre accese come ti ha già detto 
arriva jack, 
la lunare dovrebbe andare sempre una volta che l'illuminazione si spogne..ma non crea problemi nemmeno se fai come dici tu...
le rocce...bha...la vedo dura sistemare la rocciata con i coralli sopra...lasciala così 
 
che skimmer usi?