Sì, l'Ex700 è un buon filtro ed è molto silenzioso.
Per i buchi se farli vicini o separati è una scelta tua, non c'è una regola fissa.
Inoltre visto che hai modificato il coperchio potresti postarne una foto così da vedere gli attuali ingombri. Comunque come coperchio dovrebbe essere abbastanza facile da bucare per far passare i tubi.
Le ventoline per pc le trovi sia al supermercato che nei negozi specializzati. Per la rumorosità (che comunque non è mai eccessiva) varia a seconda del modello (anche nei componenti per pc ci sono le versioni base e lusso

)
Per queste modifiche ti rimando alla sezione fai-da-te, dove ci sono vari progetti in merito. Comunque se devi raffreddare credo che i buchi siano d'obbligo.
Per la sostituzione dei materiali filtranti di solito nei manuali esagerano un po'. La normale manutenzione consiste nello sciacquare le spugne (tanto sono a grana grossa, quindi le pulisci senza troppi problemi) e sostituire l'ovatta quando si intasa; questo dipenderà dal carico di sporco portato dalla vasca, conta comunque che avrai intervalli di manutenzione di vari mesi l'uno dall'altro. Il sacchetto di carbone attivo che troverai dentro non usarlo e tienilo da parte in caso di eventuali cure con medicinali (da mettere dopo per ripulire l'acqua dai residui).