La pompa da sola non ce la fa a sollevare tutti i residui e portarli al filtro.
Quando cambi l'acqua, aspira col tubo a pochi cm dal fondo e ciuccia tutte le schifezze, che poi finiranno gettate con l'acqua del cambio (ottima per fertilizzare i fiori).
Se la quantità di residui è molto elevata, forse è meglio rivedere le popolazione e/o diminuire le dosi di cibo che somministri.
Spero che quando scrivi "sifonare" tu intenda questo, e non che affondi il sifone nel ghiaietto... perchè nel secondo caso fai più male che bene
