Non trovo una pompa Eheim con quel nome, è per caso una Eheim Compact 1000?
Descrivi un po' il filtro e relativi materiali filtranti.
Le pompe per filtri interni in genere hanno una prevalenza molto bassa, in particolare la Compact 1000 mi pare abbia 0,5m.
Ora per funzionare il filtro interno ha la necessità che il livello acqua nel vano pompa sia più basso che negli altri vani, diciamo che una differenza di 5/10cm, a materiali filtranti puliti, è fisiologica.
Col progressivo intasarsi dei materiali filtranti meccanici (lana o prima spugna), il livello nel vano pompa si abbassa ulteriormente perchè la quantità di acqua che passa diviene minore. Questo porta al fatto che la pompa deve vincere una prevalenza maggiore per spingere l'acqua in vasca, ma, nelle pompe, maggior prevalenza da vincere = minore portata.
Quando fermi il filtro (anche senza estrarre la pompa), l'acqua nel vano pompa si porta al livello degli altri vani (vasi comunicanti), quindi quando lo fai ripartire la situazione è: prevalenza minima = portata massima, ma poi progressivamente il livello inizia a scendere e la portata diminuisce.
Tutto questo per dire che teoricamente non c'è niente di anomalo in quanto ti succede

L'unica cosa forse un po' strana è che il ciclo di stabilizzazione della portata ti duri giorni.
Direi di sostituire la lana sintetica o strizzare la prima spugna incontrata dall'acqua proveniente dalla vasca per far sì che si ripristini una buona circolazione dell'acqua stessa.
Se invece i materiali sono puliti, regola la pompa ad una portata maggiore, in modo che, a regime e non appena acceso, abbia la portata che vuoi
PS: se la pompa è la Compact 1000 ha 300l/h di portata massima nominale a prevalenza zero (e quindi in vasca saranno sicuramente meno), il che non è troppo per un 100l. Che motivi ci sono per cui vuoi una portata bassa?