Io sto facendo una cosa simile,solo che rifaccio completamente l'acquario inserendo un filtro esterno al posto di quello interno che ho adesso.
Io sposto i pesci in una boccia di plastica di 20 litri(sono pochini ma ho solo 2 cory) nella quale faccio girare un filtro con le spugne che ho ora nell'acquario(avviato da un'anno e mezzo) e ovviamente trasferendo anche l'acqua dall'acquario.
Ora con l'acquario vuoto tolgo tutto,riallestisco,e inserisco il filtro esterno nuovo di pallino;lo faccio girare per un mese finchè non è ben maturo quindi ritrasferisco i pesci che "purtroppo" ho fatto vivere per un mese in una boccia.
Se vuoi solo risistemare il fondo puoi anche trasferirli per un giorno,sistemare e poi rimetterli tenendo il filtro già maturato.
Se vuoi sostituire il filtro o metti quello esterno assieme a quello interno per un mese in maniere che maturi e poi togli quello interno;o fai come me
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