Secondo me devi prima di tutto preparare l'acqua e portarla alla giusta densità.
A questo punto, se le rocce sono molto sporche le fai spurgare per qualche giorno quindi le togli aspiri il fango, inserisci sabbia e supporti per le rocce e le rimetti subito dentro.
Se le rocce sono pulite devi inserire prima la sabbia con i supporti su cui andrai a poggiare le rocce, e poi le rocce.
La luce la puoi accendere da subito solo nel secondo caso, ma in maniera molto graduale.
Per quanto riguarda il discorso batteri, io ci andrei con i piedi di piombo, dal momento che un loro aumento molto rapido può portare alla compattazione del fondo a causa del glicocalice.

Potresti aggiungere un paio di fiale, ma solo all'avvio del sistema, dopo è molto meglio far fare alla natura, tanto non si risparmia un granchè in termini di tempo col rischio di dover rifare tutto.
Ciao
Max