Se la testa del filtro sta sotto il pelo dell'acqua della vasca secondo me non dovrebbero esserci problemi neanche con l'innesco, al massimo sarà più lento (l'innesco).
Sulle istruzioni dell'Eheim 2071 ad esempio c'è scritto di non superare i 180 cm di dislivello tra il pelo della vasca e la base del filtro. Questa è però una raccomandazione di sicurezza non di funzionamento! Infatti più avanti viene consigliato di mantenere un dislivello di almeno 10 cm tra il pelo della vasca e la testa del filtro per evitare la presenza di aria all'interno.
stefano86, è normale, a parità di lunghezza dei tubi, la portata non cambia al variare della posizione del filtro
