Ciao Hasked,
forse sono troppo macchinoso,

ma non potresti fare in modo, utilizzando una piccola pompa, di scambiare costantemente l'acqua con l'acquario principale, in modo che il flusso in uscita equivalga quello in entrata?
Così avresti la stessa acqua con gli stessi elementi.
In alternativa non puoi passare ad un acquario un po' meno piccolo (10 lt) dove gestire l'acqua sarebbe più facile?