Se il filtro è fatto così (io non lo conosco), che ci sia o meno il carbone in ogni caso i cannolicchi andrebbero tolti per eseguire la pulizia...
Per cui ti consiglierei di lasciare vuoto lo scompartimento o al massimo di aggiungere cannollicchi per aumentare la superficie colonizzabile dai batteri...però ti ripeto che non conosco questo filtro, per cui non vorrei dirti una sciocchezza a tal proposito...