Se la domanda è "... chimicamente qual è la relazione..." la risposta è nessuna relazione. Ognuno dei 3 ioni che hai citato (calcio, carbonato, magnesio) si può muovere in modo del tutto indipendente.
Se invece intendi dire se la concentrazione di un elemento può influire o meno sul
mantenimento in soluzione di un altro la risposta è sì.
Nel tuo caso, l'acqua di mare ha un contenuto di calcio e carbonati che causa una sovrassaturazione di carbonato di calcio. In pratica, si dice che c'è più calcio e carbonati di quanto possa rimanere "teoricamente" in soluzione. La spiegazione di questo fenomeno apparentemente inspiegabile è che intervengono altri ioni, in questo caso il magnesio, a evitare/rallentare la precipitazione di carbonato di calcio.
Quindi se la concentrazione di magnesio è troppo bassa, la precipitazione naturale che sempre avviene in acqua di mare diventa più sensibile e la noti dal fatto che fatichi a mantenere il calcio e il KH a livelli adeguati (sempre che il problema non sia un altro e cioè il consumo da parte degli organismi).
In pratica... non ti succede mai a meno che non hai fatto grosse ******* nel preparare l'acqua di mare
Dicci in pratica qual è il tuo problema.