Pianta acquatica con tubero del diametro fino a 3 cm o rizoma allungato. Per l'assenza di tessuto le lamine risultano forate in vario modo, ricordando dei merletti. Lunghezza fino a 60 cm, larghezza 1,5 - 16 cm. Esemplari giganti con lamine lunghe fino a 100 cm e larghe 18 cm. Forme nane con foglie rotonde, lunghe appena 3 - 4 cm e larghe 1 - 2 cm.
Peduncolo dell'infiorescenza lungo fino a 130 cm. Spata lunga fino a 25 mm, decorrente. Infiorescenza con 1 - 6 spighe lunghe fino a 9 ( - 20 ) cm, con fiori omnidirezionali. 2 - 3 tepali bianchi, rosa o viola. 6 stami e 3 - 6 carpelli con ognuno 2 o 4 ovuli. Frutto fino a 8,5 x 5 mm. Semi grandi fino a 3,5 x 1,25 mm con tegumento semplice.

Le tre forme coltivate più spesso di Aponogeton madagascariensis sono state descritte da Van Bruggen (1998) come varietà. Var. madagascariensis è un tipo a foglie strette, il cui tessuto fogliaretra le nervature non è completamente scomparso e i cui buchi hanno spesso contorni arrotondati. Var. henkelianus e var. major sono due forme a foglie larghe, ridotte fino alle nervature; i loro buchi hanno contorni all'incirca rettangolari. Var. major ha foglie con un reticolo regolare, mentre quello nella var. henkelianus è reso irregolare da nervature trasversali.

Grazie al suo fogliame inconsueto, questa specie da molti anni è una delle piante d'acquario più popolari, anche se una sua coltivazione duratura risulta abbastanza complessa. Per questo motivo non la si consiglia per un'acquario "normale", ma solo per vasche speciali, dove sia possibile rispettare le sue elevate esigenze ambientali: temperatura bassa, forte movimento dell'acqua tenera e acida, materiale di fondo ricco di sostanze nutritive, illuminazione media e regolare periodo di quiescenza (non all'asciutto). Da tenere presenti anche le indicazioni sull'ecologia dei biotopi.

Il biotopo: la specie presenta una grande variabilità. Le piante crescono sia in piccoli ruscelli nelle foreste sia in fiumi con forte corrente sia eccezionalmente in acque ferme, su basalto, rocce calcaree nonché su terreno sabbioso. I biotopi sono fortemente assolati o si trovano in piena ombra, fino a quote di 1800 m. Caratteristiche dell'acqua: temperatura 18 - 26 °C, pH 5,0 - 7,3, 1 - 8° dGH, 30 - 780 μS/cm.