Sicuramente il viaggio non fa bene ma non credo che si siano danneggiate in modo irreparabile anche perchè se pensi che io le prendevo in porto dove l'acqua era uno schifo...
E' fattibile fare una sorta di nanoreef mediterraneo ma dipende sempre da cosa intendi tu per nanoreef. Fino ad 80 lt io personalmente metterei solo invertebrati o AL MASSIMO un paio di bavose, in compenso puoi divertirti ad inserire invertebrati sessili e non (spirografi, gamberetti, paguri etc).
Nel caso dovesse fallire il progetto mediterraneo, anche se maturo, per fare un nano reef credo che dovresti ricominciare da capo per la grande diversità dei due biotopi
Spero di aesserti stato d'aiuto