Ti è stato detto di aspettare ma non so se ti è stato spiegato bene il motivo. Si crea un piccolo spicchio di ecosistema che non coinvolge solo pesci e piante ma anche il fondale la stessa acqua e microrganismi tra cui i batteri. Ci vuole del tempo, in genere un mese ma a volte meno e in rari casi di più, per fare in modo che si instauri un equilibrio perfetto in questo ecosistema. I questo arco di tempo ci sono dei momenti in cui l'acqua sarebbe tossica per i pesci ed è per questo che deve girare tutto senza fauna. Questi picchi di tossicità vengono "smaltiti" (per farla semplice) dai batteri che si insediano nel filtro e sono delicati come organismi se il flusso viene interrotto o addirittura rimangono all'asciutto ne morirebbero molti se non tutti e quindi tocca ricominciare da capo.
Torniamo a noi, nel tuo caso la modifica è necessaria perché il tuo filtro non ha spazio per dare casa a questi batteri e più ce ne sono meglio è. Ad essere precisi questi batteri si annideranno nelle spugne ma quando periodicamente le togliersi per pulirle elimenerai anche tutti i batteri e l'ecosistema si troverà in crisi se è attivo da poco tempo. I cannolicchi invece sono pensati per non essere toccati e per offrire il miglior "rifugio" ai batteri per farli proliferare.
Dopo qualche mese i batteri saranno ovunque nell'acquario e oltre al filtro abiteranno anche il fondale migliorando ulteriormente il ciclo dell'azoto che manda avanti l'ecosistema ma per ora questo non ti riguarda visto che parti da 0.
Potevo semplicemente risponderti "si devi ricominciare ad aspettare" ma se sai il perche potrai anche trarre le tue conclusioni e se un giorno ci saranno problemi saprai cosa sta succedendo e potrai prendere provvedimenti.
Ci sono alcuni modi per accelerare questo processo, si vendono dei flaconi contenti già i batteri, si può mettere un po di mangime nel filtro per "nutrirli" o inserire materiale filtrante da un acquario già attivo da tempo e quindi con una coltura di batteri già attiva.

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Teniamo anche conto che meno acqua cè in un acquario e più questa sarà soggetta ai cambiamenti. Un acquario piccolo non è necessariamente più semplice da gestire.
