Bè, allora qui si apre un lunghissimo discorso...cerco di semplificare nei punti salienti, poi sarà l'esperienza che ti farai a completarlo o altre letture!
Intanto perchè si sifona (quando si fa): per togliere meccanicamente residui vari dal fondo, come foglie marce, resti di organismi, scarti alimentari, rifiuti organici. Questo si fa perchè sono indesiderati per un fatto estetico e per un fatto pratico, in quanto troppi rifiuti possono alzare i nitrati e inquinare l'acqua più del normale.
Di solito con un fondo a granulomentria grossolana questi scarti vanno piano piano in profondità, e ci pensano i batteri a decomporli (ma ci vuole tempo), in fondi sabbiosi o fini rimane nella parte alta e si può togliere, se si vuole.
In alcune vasche naturali tuttavia non si fa e si lascia decomporre, anche se si forma una melma sul fondo (per esempio io non sifono praticamente mai).
Ci sono alcuni animali che smuovono il fondo e fanno scendere in profondità queste sostanze, ma nessun animale se le mangia e quindi
non può essere usato per pulire il fondo!
Venendo al caso specifico tuo, se nella zona con il fondo libero da piante non ti piace per qualche motivo vedere il sedimento puoi sifonare, altrimenti misura i valori e fino a che sono a posto non ci sono particolari problemi, alcuni grandi acquariofili lasciano addirittura i pesci morti nella vasca...questi sono casi un po' limite, però è per far capire che si agisce in diversi modi!
ma per queste cose non ci sono regole fisse, come si può dare una risposta scusa?
è il minimo che posso fare per te 
Modalità lineare
