Bisognerebbe capire il concetto di potente... non è uguale per tutti
La vaschetta di quanti litri è? il filtro per quanti litri è?
Se metti l'uscita del filtro a pelo d'acqua generi una corrente di superficie ma il fondo resta abbastanza tranquillo, in termini di movimento d'acqua. In questo caso tieni l'aeratore spento.
Se invece vedi che la corrente generata dal filtro è comunque troppo forte allora, come ti è stato detto, spegni il filtro e metti l'aeratore.
Il filtro puoi tenerlo anche in vasca, devi solo fare attenzione quando lo riaccendi, prima di farlo sciacqua le spugne e i materiali filtranti in modo da non introdurre in vasca tutti i sedimenti che si saranno depositati nel filtro fermo.
Per quanto riguarda il pH tendederà a salire un pò ma non credo in modo tale da diventare un problema.