ciao Auz! ci sono stato a giugno 2010, la vacanza è stata proprio come la vorresti fare tu... 14 giorni di cui 9 in giro per il borneo e gli ultimi 5 su un'isoletta a un'ora di barca da Sipadan. Il viaggio lo abbiamo organizzato io e la mia ragazza senza passare da nessuna agenzia, un po' per risparmiare e un po' per avere piu' libertà. la spesa complessiva a testa è stata circa 1700euro, il giro che abbiamo fatto è stato kuala lumpur-kuching-kota kinabalu-fiume Kinabatangan-semporna e per ultima l'soletta (Mataking).
quello che ti posso consigliare di fare è leggere tanto sui forum di viaggi, noi abbiamo usato tanto questo "il giramondo"
http://www.ilgiramondo.net/ e poi compra la guida "lonely planet" della Malesia, aiuta tantissimo!