Dipende da quanto grandi sono,più è grande la superfice più batteri ci stanno. Comunque puoi lasciare anche le spugnette,l'importante è che non le lavi,solo la prima che in teoria serve come filtro meccanico,cioè per la sporcizia che c'è nell'acqua,la devi lavare quando si sporca,le altre no!
Se non sbaglio l'acquario è 40 litri con 11 watt di luce sono: 11:40=2,5w\l.
Non serve che metti il fertilizzante sul fondo perchè la luce è poca.
Come piante pui mettere le anubias,una bella microsorum magari legata a un bel legno (è come le anubias, cresce bene con poca luce e non va interrata).
però ti servirebbero anche piante a crescita veloce, per neutralizzare neglio i nitrati, ti consiglio il ceratophillum, lasciato galleggiare o a mazzetti (non ha radici).
Potresti anche mettere della vescicularia dubliana (Muschio di java) molto bello se cresce bene ,oppure una palla di cladophora.
La tabella di scelta delle piante in base alla quantità di luce è questa:
http://www.naturacquario.net/piante-luce.htm
Ultima cosa:il neon che hai cos'è? Cosa c'è scritto sopra?