[bettu]

C'è chi invece applica proprio un metodo simile per eliminare le alghe, approfittando del fatto che l' "inerzia" delle piante agli sbalzi di ambiente è decisamente maggiore di quella delle alghe.
Il processo fotosintetico si attiva nel giro di alcune decine di minuti (tempo che varia a seconda che le piante siano eliofile o sciafile), diciamo dai 20 ai 40, per cui la pennichella pomeridiana non dovrebbe disturbare più di tanto il processo che poi va avanti per tutta la durata del fotoperiodo e ci mette un pochino anche dopo, per esaurire l'energia accumulata.
Le alghe, invece, molto più reattive nei confronti degli sbalzi ambientali, soffrirebbero molto di questa "indecisione" e dovrebbero sparire.
Non so se funziona davvero, io l'ho solo letto.

Se dovessi esprimere un parere "a istinto" direi che mi sembra una cosa che snatura molto le condizioni evolutive di qualsiasi organismo vivente (tutti siamo abituati che il sole sorge, sta su, poi tramonta e rispunta solo il giorno dopo: non abbiamo mai convissuto, in centinaia di migliaia di anni, con due eclissi solari al giorno).
Ma questa è solo un'idea personale tratta dal buon senso, niente di scientificamente provato. Da qui a dire che stai facendo una cosa completamente sbagliata ce ne passa.
D'altra parte, comunque, anche il "tuo" sistema è ben lungi dall'essere dimostrato veramente funzionale in questo senso, ci sono al più alcune opinioni tendenzialmente favorevoli.

Per i pesci, invece, non sarei così sicuro che questo accendi-spegni-poi riaccendi, poi spegni... non sia causa di stress.
Quoto pigrina che se tu riuscissi in qualche modo semplice a riparare l'acquario dalla luce solare della mattina sarebbe meglio.
Magari più per i pesci che per le piante...