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In un acquario dove le piante crescono bene le alghe sono quasi assenti.
Quando le piante non sono in salute e smettono di crescere iniziano a proliferare le alghe.

Il fattore che determina la crescita delle alghe è la presenza dello ione ammonio anche in piccole quantità.
L'azoto è infatti il macro nutriente più importante sia per le piante che per le alghe.
Sia le piante che le alghe possono assorbire l'azoto solo in forma di ammonio.
In assenza di ammonio le piante possono utilizzare i nitrati come fonte di azoto. Prima però devono ritrasformare i nitrati in ammonio con dispendio di energia.

Le piante sono più efficienti delle alghe nel trasformare i nitrati in azoto assimilabile.

In un acquario ben equilibrato la maggior parte dell'ammonio prodotto a seguito del metabolismo dei pesci e della decomposizione della materia organica viene rapidamente trasformato in nitrato dai batteri nitrificanti presenti nel filtro e in tutta la vasca.

Il poco ammonio residuo viene immediatamente assorbito dalle piante, se queste sono in fase di crescita, e le alghe non riescono a svilupparsi.

Se il filtraggio è insufficiente rispetto alla quantità di materia in decomposizione e ai rifiuti prodotti dai pesci, in acqua resta una piccola quantità di ammonio di troppo. Se le piante non sono in fase di rapida crescita questo non viene immediatamente assimilato e resta a disposizione delle alghe che iniziano a crescere rapidamente.

Una volta che le alghe si sono sviluppate in grande quantità alterano gli equilibri chimici della vasca compromettendo ulteriormente la capacità delle piante di assimilare i nutrienti e ne limitano uleriormente la crescita prendendo il sopravvento.

Se si riesce a ripristinare le condizioni di crescita delle piante o si aumenta l'efficienza del filtraggio si riesce a ridurre la quantità di ammonio disponibile e le alghe non avendo abbastanza nutrimento iniziano a regredire.

In genere si dice che sia l'elevata concentrazione di nitrati o fosfati il fattore che determina la crescita di alghe. In realtà non è la presenza residua di questi nutrienti il problema. Questi sono solo una causa indiretta. Il vero fattore critico è l'ammonio presente anche in quantità molto piccole.
L'eccesso di un nutriente può arrestare la crescita delle piante. L'eccesso di nitrato può causare un aumento del livello di ammonio a causa della presenza di processi di denitrificazione.