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La CO2 acidifica l'acqua spostando la reazione chimica di equilibrio che coinvolge gli ioni carbonato e bicarbonato (la cui concentrazione in acquario viene misurata dal kH).

La torba acidifica l'acqua attraverso il rilascio di acidi umici che sono composti organici. L'introduzione di acidi ha ovviamente un effetto sulla reazione di equilibrio del bicarbonato e quindi altera anche il kH.

In entrambi i casi viene abbassato il pH.

La scelta dell'uno o dell'altro metodo o di una combinazione dei due dipende dal fatto se vuoi avere o meno una certa concentrazione di acidi umici in acquario.

Gli acidi umici hanno alcuni vantaggi perché sono composti chelanti, cioè si legano ai metalli pesanti rendendoli non tossici oppure, nel caso del ferro, più assimilabili dalle piante.
Nello stesso tempo hanno lo svantaggio di colorare l'acqua. L'effetto estetico non è molto piacevole e assorbono luce diminuendo l'illuminazione della colonna d'acqua.

In basse concentrazioni l'acqua non appare colorata ma assorbono comunque la luce.

Perciò dipende principalmente dal tipo di piante che hai e dal biotopo che intendi riprodurre.

Riguardo all'altra domanda, io personalmente sono del parere che la CO2 non debba essere interrotta di notte, ma anche qui i pareri di molti sono diversi.