[livia]

in questo partirei prima di tutto con il dire che il ciclo dell'azoto in acquario non è ciclico perché manca l'azotofissazione..
per le altre domande

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- I batteri sulla superficie del biofilm devono poter tollerare una certa acidità e quindi saranno per lo più deputati alla trasformazione di ammoniaca/ammonio in nitrito, al loro riparo possono crescere quelli deputati alla trasformazione di nitrito in nitrato che non amano l'acidità e l'ammoniaca e che quindi beneficiano dell'azione dei precedenti, in "profondità" avremo zone poco ossigenate in cui c'è la possibilità di trovare dei denitrificanti... è possibile e come si può fare per ottenere un biofilm abbastanza spesso ?!?

a parte che il pH è basico, in base a quanto ci siamo detti e a rigor di logica secondo me non è possibile ottenere un biofilm più spesso di quanto non sia quello che si forma normalmente e secondo me non sarebbe neanche utile...intanto dal punto di vista estetico non credo sia un bello spettacolo (immaginiamo la melma del filtro che ricopre ogni superficie libera della vasca... ) e poi non sarebbe neanche utile, visto che una massa maggiore non garantisce un maggiore metabolismo, almeno non a livello di biofilm...

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- quali sono i parametri che avvantaggiano un ceppo piuttosto che un altro?

tutti...sono le condizioni ambientali nell'insieme che determinano l'insediamento di specie diverse in un posto piuttosto che in un altro..il resto è selezione naturale...

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- esistono differenze fra il biofilm che si sviluppa nel filtro (quindi con ossigenazine massima) e quello che si sviluppa nei vari strati del fondo?!?

decisamente si

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quali sono queste differenze e in che modo reagisce l'acquario avvantaggiando l'uno o l'altro?

nel filtro e negli strati esteni del biofilm i nitrificatori, strato interno del biofilm e fondo i denitrificatori...

per l'aderenza non so neanche io, ma su superfici ruvide e con poca turbolenza dell'acqua (meglio ancora se è ferma) aderiscono meglio perché la turbolenza dell'acqua asporta gli strati superiori, impedendo quindi l'instaurarsi di un biofilm stabile...
lo spessore non lo so, ma se l'amiente al di sotto del primo strato deve essere anossico dipenderà dal livello di attività dei nitrificatori...
anche per l'ultima domanda direi che dipende dal livello metabolico del primo strato...più lavora più ossigeno consuma, meno ne arriva sotto, meglio lavorano gli strati sottostanti..
quest'ultimo direi quindi che è il motivo principale per cui uno strato di batteri più spesso non serve..più è sottile più è efficiente...