[artdale]

Non è improbabile che le perdite fossero dovute all'utilizzo di acqua senza biocondizionatore o non decantata.
Se hai un'acqua di rubinetto con molto cloro questo è tossico per i pesci ma, soprattutto, è un antibatterico che può danneggiare seriamente il filtro.
Non è da escludere neanche una intosicazione da metalli pesanti (che vengono eliminati col biocondizionatore).

Il filtro spento ha comunque quasi sicuramente danneggiato i materiali.

Io per sicurezza, proprio per paura che muoiano di nuovo, romperei gli indugi e rifarei tutto da capo con una pulizia radicale, una bella disinfettazione di tutto l'acquario e cambio dei materiali filtranti. Cambierei anche il substrato fertile.
Se il vulcanico è per acquario puoi salvarlo facendolo bollire, altrimenti metti ghiaia per acquario (il lapillo vulcanico in genere non crea problemi ma se non se ne conoscono esattamente le proprietà potrebbe contenere, ad esempio, molto zolfo o qualche altra sostanza non particolarmente gradita).

In fondo hai fatto ripartire l'acquario solo da un paio di giorni. Comunque dovresti aspettare le 3-4 settimane canoniche.