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Ciao arca. Quella che descrivi e' una situazione piuttosto tipica. Ho osservato per diverse volte i ciano "esplodere" in vasche dove le filamentose erano in forte regressione o addirittura assenti. La spiegazione generalmente accettata e' che i ciano, essendo in grado di fissare l'azoto atmosferico, sono in grado di competere con le piante in vasche dove i nitrati sono carenti mentre in queste condizioni le alghe riescono appena a vegetare.
Per tamponare il problema puoi provare a fare questo: rimuovi meccanicamente (aspira) piu' ciano che puoi, fai un trattamento con Tetra GeneralTonic (e' innoquo per i pesci, e malgrado non sia un prodotto concepito per questo... uccide i ciano) e porta i nitrati a 15 ppm (per cominciare) aggiungendo un fertilizzante specifico o fatto da te con nitrato di potassio. Probabilmente il tuo regime di fertilizzazione andrebbe corretto/bilanciato. Questa e' una cosa che puoi fare per gradi. Vedrai che comunque, almeno per quanto riguarda i ciano, la situazione migliorera' nettamente.