Hai fatto bene a non lavarla!
La flourite se viene lavata non può più essere considerata flourite! Sono proprio quei fanghi che la rendono speciale!
Come ti è stato già consigliato, ogni volta che estirpi qualche pianta, spegni il filtro, (non succede niente se resta anche mezz'oretta spento) fai depositare il grosso e poi riaccendi.
Comunque dopo qualche mese il fondo si stabilizzerà e si compatterà riducendo di molto le polveri.
Un altro consiglio che ti posso dare è quello di capire quando una pianta ha le radici troppo sviluppate. In questo caso io taglio proprio raso terra lo stelo, e lascio le radici interrate a marcire, col tempo diventano concime

. Sicuramente fa meno danno che estirpare tutto, muovere un sacco di fondo, batteri e altre sostanze.
Sicuramente molti saranno contrari, ma io ho sempre fatto così e non ho mai avuto problemi di nessun genere, anzi..