Ciao, avresti una foto?
La "melma" se è eccessiva, non porta bene. I batteri si formano nel filtro, al massimo ci possono essere residui, ma mai melma. E' indice di scarsa pulizia e di carenza di piante.
Se vuoi inserire piante, allora sarebbe meglio rifare il fondo, a mio avviso.
Un secchiello di fertilizzante pronto (dennerle, anubias, JBL, etc) coperto con del ghiaino inerte, e sei a posto. Ovviamente preservando la funzionalità del filtro e l'acqua "vecchia".
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