Alberto,
io credo che il vero problema sia il fatto che stai dismettendo, anche se gradualmente, il filtro biologico. Una gran parte dei batteri denitrificatori, infatti, si saranno insediati proprio li e riducendo i materiali filtranti stai causando uno sbilanciamento nel ciclo dell'azoto con un aumento di nitriti (NO2) che, già a basse concentrazioni, possono essere tossici per gli esseri viventi. Secondo me è questo che infastisce i pesci, molto più delle nuove pompe.
E' corretto quindi il consiglio di aggiungere batteri in questa fase, per aiutare l'insediamento di nuovi ceppi; meglio metterne una dose ridotta tutti i giorni che una grande quantità tutta in una volta. Segui le istruzioni riportate sulla confezione, come se si trattasse di un nuovo allestimento. Quando aggiungi i batteri, spegni lo schiumatoio (o leva il bicchiere) per almeno un'ora, per non schiumarli immediatamente; ricordati poi di riaccenderlo (o rimettere il bicchiere)

Prosegui in questo modo misurando i nitriti tutti i giorni, sempre alla stessa ora, finchè non siano scesi a livelli molto bassi (l'ideale sarebbe a zero) prima di togliere altro materiale filtrante; armati di pazienza perchè potrebbero volerci molti giorni.
Se non hai coralli duri in vasca, per il momento non mi preoccuperei di bilanciare anche la triade (Kh, Mg, Ca), seguendo la regola d'oro di fare una sola cosa alla volta. Se invece ne hai..... beh parliamone
