Allora...i Nitrati ci possono, anzi, se non hai una vasca piantumatissima (tipo foresta per intenderci) ci devono essere nei limiti della tolleranza. Sono i Nitriti o NO2 che non devono esserci. Ad ammonio come sei messo (NH3/NH4) ????
Penso che la sifonatura del fondo vada effettuata solo se hai molto, ma molto sporco in vasca e Nitrati alti, diciamo sopra i 25.....ma in quelle condizioni io non sifonerei, ricordati che i batteri in vasca sono dappertutto.....anche sul fondo.....L'avere sifonato i cannolicchi è giustamente da 

 nelle parti intime, per così dire.... Probabilmente stai riavendo un picco....cerca di fare cambi d'acqua anche del 10 % a distanza di due-tre giorni e monitora costantemente i Nitriti (NO2)....poco cibo mi raccomando....e aggiornaci costantemente
Spero di esserti stato d'aiuto