Ciao!
Il primo danno che hai fatto è stato probabilmente quello di non lavare il fondo prima di inserirlo in acquario; infatti non va messo così come esce dal sacchetto, va lavato molto bene prima!
Poi facendo funzionare i filtri con quell'acqua torbida e sporca hai intasato i materiali filtranti, che giustamente andavano lavati ma non con acqua di rubinetto e non così tanto, in questo modo hai perso sicuramente la grande maggioranza dei batteri (sulle spugne direi anche il 99%)...
Il "marrone" che si forma sulle spugne non è lo sporco del ghiaino nuovo ma la melma e i fanghi formati in un acquario avviato da tempo! Comunque anche le spugne contengono i batteri, spesso anche in quantità maggiori rispetto ai cannolicchi, hanno l'unico svantaggio di intasarsi più spesso per questo vanno lavate in acqua
dell'acquario messa in un secchio pulito (non nell'acquario stesso)
Una domanda, ma i cannolicchi e il resto dei materiali quanto tempo sono stati nel filtro spento?
Ci sono seri rischi sulla perdita della fauna batterica...
Per quanto riguarda gli attivatori batterici dopo un lavaggio "normale", con l'acqua dell'acquario, non sono indispensabili...se li hai già a casa magari una spruzzata puoi darla...se devi comprarli lascia perdere! ma non lavare mai i cannolicchi e il resto se la portata non si riduce di parecchio!