scusa ... come ti han già detto il filtro è stato progettato per far girare quell'acqua quindi i batteri di certo non vengono spazzati via...
ti riporto il mio esempio... io sono un esagerato ho fatto una tartarughiera con il mio vecchio malibu da 60lt lordi, ora il livello dell'acqua è piu bassa x poter creare una zona emersa circa 40lt e come filtro ho il tetra EX1200... (1200Lt/h x vasche 200

0lt) a piena portata..
che dite ho esagerato????
AH l'ultima volta che ho aperto il filtro x sciacquare le spugne i canolicchi e le bio balls erano belle impregnate di schifezze batteriche ;)
xcui non te preoccupar :)