io non avrei svuotato tutto comunque ormai è fatta

ma non farti prendere dallo sconforto, non è niente di grave. La foto è un pò sfocata comunque se il problema è il colore ambrato dipende al 100% dalla radice che rilascia acidi umici, ma non sono dannosi, anzi ... se invece l'acqua è torbida e lattiginosa, come ti accennavo nel mio primo intervento, è probabile sia esplosione batterica.
Non devi fare niente, solo aspettare pazientemente la maturazione del filtro.
Solo per scrupolo, non è che l'acqua ha un cattivo odore? (uova marce)