Io la prelevo un po' dappertutto.. dal filtro, dalla superficie e dal fondo ma non penso che cambi qualcosa almeno negli ultimi due casi.
Il metodo della gomma penso che sia il più usato, veloce e anche pratico

Non so cosa intendi per "graduale" ma solitamente si cambia il 10% del volume della vasca (non c'e una regola pero').
Sicuramente devi stare piu' attento quando rimetti l'acqua in vasca che abbia la stessa temperatura o molto simile.