Se vuoi fare 2 filtri usa due pompe, io due pompe in un filtro non le metterei ma puoi fare tutti gli esperimenti che vuoi.
Magari pensa bene la parte dove inserisci la pompa e lascia dello spazio in più in modo che poi se non ti soddisfa la portata o per qualsiasi altro motivo dovessi sostituirla o manutenzionarla non ti tocchi distruggere tutto o tenerlo fermo troppo tempo. Una volta che il filtro è avviato sarebbe un peccato.
Il materiale biologico dovrebbe restare sempre immerso e l'acqua non dovrebbe stare ferma per più di una o due ore in caso di manutenzione.
Comunque per un 100 lt netti io mi orienterei su una pompa da 700

0 lt/h, se poi il getto è troppo forte, ma non credo proprio, puoi sempre smorzarlo con un rubinetto sulla mandata o usare una spray-bar per ridurre il movimento in vasca.
Piccola parentesi: se il tuo scopo è quello di risparmiare autocostruendoti il filtro forse sei sulla strada sbagliata. Io alla fine ho speso almeno tanto quanto comperandolo già fatto, tra recipiente, pompa, tubi, raccordi, passacavi, rubinetti, materiali filtranti, colle e altre cosette sempre che azzecchi il pezzo giusto al primo colpo alla fine fai presto a sfiorare i 70-100 euro che ti servono per acquistare un buon filtro esterno.
Tieni conto che tutti i pezzi che userai dovranno garantirti la massima affidabilità, 100 lt sparsi per casa potrebbero costarti molto ma molto di più.